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BNF104 - Utilisation et applications de la bioinformatique [ 6 crédits ]
| Public Concerné |
Biologistes ou Informaticiens.
Titulaires d'un BTS de Biochimie, Biotechnologie, Biologie ou d'un DUT de Biologie appliquée (ou diplômes équivalents bac+2).
Titulaire d'un BTS ou d'une licence d'informatique ou diplôme de niveau équivalent. Dans ce cas, une connaissance préliminaire de la biologie/biochimie est recommandée, par exemple grâce à l'UE Biochimie Fondamentale #BCA001.
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Finalité de l'unité d'enseignement |
| Objectifs pédagogiques |
| Former des bio-informaticiens pour répondre à l'émergence des métiers nouveaux liés aux nouvelles biotechnologies. |
| Capacité et compétences acquises |
| Apprentissage des problématiques bioinformatiques liées à l'émergence des nouvelles biotechnologies. Connaissance et utilisation des banques de données et des logiciels existants sur le Web, qui permettent déjà de traiter de manière puissante les données biologiques générées par les nouvelles biotechnologies (bases de données, logiciels de traitement de séquence, outils de prédiction, logiciels statistiques). |
Organisation |
| 6 Crédits |
Contenu de la formation |
1) Rappels de base de biologie à usage pour la bioinformatique :
Les chaînes du vivant, ADN et Protéines.
La cellule : unité fonctionnelle du vivant.
Éléments de physiopathologie : inflammation, maladies infectieuses et cancers
2) Les grandes banques bioinformatiques :
Banques de données disponibles sur Internet :
séquences, polymorphismes, structure des protéines. Le système Entrez : du gène à la fonction.
3) Exploitation des banques de séquences et applications :
Les logiciels disponibles sur Internet :
criblage de banque, alignement de deux séquences, phylogénie. Principes algorithmiques et utilisation.
4) Modélisation moléculaire et applications :
Logiciels de référence (Rasmole, Cn3D, VMD etc...). Méthode d'alignement 2D : HCA. Prédiction de structure, méthodes automatiques. Tests énergétiques.
5) Problématiques Bioinformatiques liées aux nouvelles technologies :
Séquençage du génome humain et annotation du génome, puces à ADN, génomique sur cohorte et maladies, systèmes double-hybrides, gels bi-dimensionnels, systèmes protéines pull-downs, spectrométrie de masse |
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